Plot Lengkap film The Boss Baby :
Seorang lelaki bernama Timothy Templeton menceritakan imajinasinya sebagai anak umur 7 tahun yang hidup bahagia dengan kedua orangtuanya, Ted dan Janice. Suatu hari, Tim dikejutkan dengan kedatangan bayi berpakaian formal, dia datang dengan taksi dan dianggap sebagai adiknya Tim oleh Ted dan Janice. Tim merasa iri dengan perhatian yang didapatkan bayi itu, apalagi dia bertingkah aneh. Tetapi orangtua Tim tidak mengetahui itu dan meyakinkan Tim bahwa mereka akan saling menyayangi satu sama lain.
Tim menyadari bahwa bayi itu bisa berbicara seperti orang dewasa dan mengenalkan dirinya sebagai bos bayi. Melihat adanya peluang untuk mengalahkannya, Tim merekam percakapan antara bos bayi dan bayi lainnya yang berkumpul di rumah Tim untuk membahas mengenai perhatian lebih yang diterima oleh anak anjing dibandingkan para bayi. Mereka menangkap Tim beserta rekamannya setelah melalui kejar-kejaran di halaman dan di rumah. Rekaman dimusnahkan oleh Tim karena bos bayi mengancam akan merusak boneka binatang kesayangannya yang bernama Lam-Lam.
Tanpa adanya bukti pendukung, Tim dimarahi orangtuanya atas aksi kejar-kejarannya dengan para bayi. Bos bayi membuat Tim menghisap dot yang mengirimnya ke Baby Corp, sebuah tempat dimana para bayi dengan pikiran dewasa bekerja untuk menjaga kecintaan terhadap bayi dimanapun. Mereka berwujud virtual sehingga tidak bisa dilihat atau didengar. Bos bayi menjelaskan kepada Tim bahwa dia dikirim untuk menyelidiki mengapa anak anjing lebih dicintai daripada bayi. Dia menyusup ke kediaman Tim karena orangtua Tim bekerja untuk Puppy Corp, sebuah perusahaan yang melepaskan anak anjing baru setiap hari dimana pegawainya mengajak anaknya ke tempat kerja.
Bos bayi juga menjelaskan bahwa dia meminum formula khusus untuk menjaga kepintarannya dan membuatnya bertindak seperti orang dewasa. Namun jika seorang bayi tidak meminum formula itu dalam waktu yang lama maka dia akan kembali menjadi bayi biasa. Bos bayi berharap mendapatkan kenaikan jabatan setelah menangani kasus ini, tetapi pimpinannya mengancam akan memecatnya jika tidak mendapatkan informasi, sekaligus membuangnya ke keluarga Templeton. Bos bayi dan Tim akhirnya sepakat bekerjasama untuk mencegah hal itu terjadi. Orangtua Tim membawa mereka ke Puppy Corp dalam rangka hari membawa anak ke tempat kerja. Saat berada di sana mereka menyelinap dan menemukan rencana berjudul “Forever Puppy”, namun ternyata itu jebakan yang dipasang oleh pendiri perusahaan yang bernama Francis. Mereka mengetahui jika Francis dulunya adalah pimpinan di Baby Corp, sekaligus idola dari bos bayi, namun dipaksa keluar saat ditemukan mengidap intoleransi laktosa sehingga membuat formula rahasia tidak bekerja dengan baik.
Francis mendirikan Puppy Corp untuk balas dendam dan berniat mengalahkan para bayi dengan cara mencuri botol serum dari bos bayi dan memberikannya kepada anak anjing. Orangtua Tim pergi ke Las Vegas bersama Francis, sementara Francis mengirimkan saudaranya untuk menjadi pengasuh Tim dan bos bayi sehingga mereka tidak bisa mengganggu. Kehilangan serumnya membuat bos bayi mulai kembali menjadi bayi normal. Meski demikian dia dan Tim berhasil kabur dari pengasuhnya dan menuju ke bandara, sayangnya terlambat untuk mencegah orangtua Tim. Tim merasa kecewa dan menyalahkan bos bayi yang menggunakan keluarganya untuk motif pribadinya, walau awalnya ragu tetapi bos bayi meminta maaf kepada Tim. Setelah menyusup dalam pesawat, keduanya mendapatkan presentasi Francis ketika saudaranya tidak sengaja memberitahukan rencana mereka.
Geram atas gangguan mereka, Francis menahan orangtua Tim agar dia bisa membakar mereka dengan gas dari roket yang digunakan untuk meluncurkan misi Forever Puppies. Tim dan bos bayi bertarung dengan Francis dan mendorongnya ke formula. Bos bayi membuka roket untuk mengeluarkan para anjing sehingga mereka bisa menolong orangtua Tim. Setelah itu dia kembali menjadi bayi normal dan tertinggal di roket, tetapi Tim menyanyikan lagu keluarga untuk memberikan apresiasinya dan membuat bos bayi melompat dari roket sebelum meluncur. Francis juga kembali ke wujud bayi dan mencoba menyerang mereka lagi, tetapi saudaranya menahannya dan menyatakan bahwa kali ini dia akan membesarkan Francis dengan baik.
Bos bayi mendapatkan kenaikan jabatan dan Tim kembali menjadi anak satu-satunya, tetapi keduanya semakin dekat dan mulai merindukan satu sama lain. Bos bayi merasa tidak tahan dan memutuskan untuk menjadi bagian dari keluarga Templeton. Dia kembali sebagai bayi normal yang bernama Theodore Lindsey. Tim yang tumbuh dewasa telah menjadi ayah dari seorang anak perempuan dan seorang bayi perempuan yang bertingkah sama dengan Theodore sewaktu masih menjadi bayi bos.